Разнообразие беспозвоночных животных парка велико, однако сравнительно полные сведения имеются только для небольшого числа групп насекомых и паукообразных, а также морских пелагических и донных форм, служащих объектами питания китообразных и рыб.

Среди моллюсков следует отметить несколько пресноводных форм из класса брюхоногих моллюсков и, в первую очередь, эндемичных катушку чукотскую и физу Куваева, а также американских по происхождению физу Тэ и прудовика Петерса. Из морских моллюсков в прибрежных водах обитает деформированный пирулофузус (тоже из класса брюхоногих), включённый в Красную книгу России.

Из представителей типа членистоногих на Чукотке лучше всего изучены паукообразные, а среди насекомых представители отрядов жесткокрылых (жуков) и чешуекрылых (бабочек). В каждой из этих групп животных имеются виды, характерные только для Берингии и обитающие на территории парка.