На территории национального парка установлен дифференцированный режим особой охраны с учётом природных, историко-культурных и иных особенностей, согласно которому выделены следующие зоны:
1
ЗАПОВЕДНАЯ ЗОНА
предназначенная для сохранения природной среды в естественном состоянии и в границах которой запрещается осуществление любой экономической деятельности.
2
ОСОБО ОХРАНЯЕМАЯ ЗОНА
предназначенная для сохранения природной среды в естественном состоянии и в границах которой допускаются проведение экскурсий и посещение в целях познавательного туризма.
3
РЕКРЕАЦИОННАЯ ЗОНА
предназначенная для обеспечения и осуществления рекреационной деятельности, развития физической культуры и спорта, а также размещения объектов туристической индустрии, музеев и информационных центров.
4
ЗОНА ХОЗЯЙСТВЕННОГО НАЗНАЧЕНИЯ
предназначенная для осуществления деятельности, направленной на обеспечение функционирования Учреждения и жизнедеятельности граждан, проживающих на территории национального парка.
5
ЗОНА ТРАДИЦИОННОГО ЭКСТЕНСИВНОГО ПРИРОДОПОЛЬЗОВАНИЯ
предназначенная для обеспечения жизнедеятельности коренных малочисленных народов Российской Федерации и в границах которой допускается осуществление традиционной хозяйственной деятельности и связанных с ней видов неистощительного природопользования.