Фауна пресноводных рыб парка состоит из 28 видов.Отряд Карпообразных представлен единственным видом — обыкновенным гольяном, широко распространённым как на Чукотке в целом, так и в водоёмах на территории национального парка.
Эндемичное берингийское семейство даллиевых рыб представлено двумя видами — пильхыкайской даллией и берингийской даллией, оба вида включены в Красную книгу Чукотского АО.
Рыбы отряда Корюшкообразных на территории национального парка «Берингия» представлены тремя видами семейства Корюшковых: обыкновенная малоротая корюшка, азиатская корюшка и дальневосточная мойва. Мойва имеет огромное биоценотическое значение, служит основным кормом для колониальных морских птиц.
Из
отряда Лососеобразных в «Берингии» обитают представители семейства сиговых, хариусовых и лососевых.
Сиговые рыбы не столь разнообразны, в водоёмах «Берингии» обитают 7 видов этого семейства: сиг-пыжьян, берингийский омуль, чир, сибирская ряпушка, обыкновенный валёк, нельма и хариус, представленный тремя подвидами — камчатским, восточносибирским и аляскинским.
Берингийский омуль — редкий, эндемичный берингийский вид, встречается на Чегитунском участке национального парка.
Лососевые рыбы в водах национального парка представлены 9 видами: самые распространённые из них — горбуша, кета и нерка, более редкие — кижуч и чавыча. Как и большинство представителей семейства, эти рыбы ведут проходной образ жизни — размножаются в пресных водах, нагуливаются в море.
К другой группе лососевых рыб, обитающих в национальном парке, относятся представители рода гольцов: арктический голец, чукотский голец, мальма, голец Таранца. Чукотский голец — редкий, малоизученный вид, узкоареальный эндемик Северо-Востока России и Чукотского АО, представлен одной популяцией, обитающей в замкнутом озере Истихед. Ведёт исключительно жилой — озёрный образ жизни.
Из отряда Трескообразных в пресных водах национального парка обитает тонкохвостый налим. Это малоизученный вид с мозаичным распространением в водоемах Чукотки.
Отряд Колюшкообразных на территории национального парка представлен двумя видами — трёхиглой и девятииглой колюшками.
Среди пресноводных подкаменщиков в национальном парке живёт только западный слизистый подкаменщик — редкий, берингийский подвид североамериканского вида. Встречается в водоёмах всех участков парка, как на арктическом, так и на тихоокеанском побережье.